绿色基地管理办公室下设二十三个工作部门：

　 1.基地管理办公室综合部（简称综合办公室）

    2.基地管理办公室基地认定审核部
　 3.基地农产品精品馆管理委员会（基地优质农产品展销中心）
　 4.基地投融资工作委员会（基地农业农村投资委员会、国家农业扶持政策咨询指导中心）

    5.基地乡村振兴产业发展中心

    6.基地事业发展中心（重大项目开发管理办公室）

    7.基地大健康产业工作委员会

　 8.基地产品质量认证咨询中心（基地产品有机认证工作委员会）

　 9.基地农资产品宣传推广中心

　10.基地品牌宣传推广中心（基地农产品宣传推广办公室）

   11.基地云平台管理委员会（信息化办公室）

   12.基地食品安全与营养健康工作委员会

   13.基地产品直供中心（基地产品流通工作委员会、绿色基地直供会员仓）

   14.基地后勤服务中心（基地建设工程部）

   15.基地城镇化建设工作委员会

   16.基地三农工作委员会

   17.基地规划工作部

   18.基地特色农业创新发展咨询指导中心

   19.基地一带一路工作委员会

   20.基地军创企业工作委员会

   21.基地优质农产品溯源中心

   22.基地法制建设与绩效考核工作部

   23.基地文化艺术中心（基地书画院）